故事设定在一个从未出现过奥特曼与怪兽的地球上。某天，因意外一名外星人从宇宙坠落。失去过往记忆的外星人“奥美迦”化身为地球人模样，被人称为“宙人”。他对人类充满好奇，积极地接触这些陌生的生命体。当神秘巨型生物接连出现时，尘封的记忆碎片被唤醒，宙人脱口而出“怪兽”二字。面对怪兽的威胁，强烈的使命感驱使他变身成为奥美迦奥特曼，与怪兽作战。随着故事推进，来自外星的宙人与一位普通青年逐渐成为并肩作战的伙伴。
为求仙药线索，一行人抵达统治岛屿的怪物"天仙"之居城。欲从岛屿生还，死囚与处刑人已不得不携手合作。与此同时，幕府以"山田浅卫门殊现"为首，下令增派人员登陆神仙乡。其中竟可见与画眉丸素有渊源的石隐众之身影。正当画眉丸等人欲尽快寻得仙药逃离孤岛之际，天仙们却拦住了他们的去路——围绕仙药的争夺，即将迎来"人类"与"天仙"的全面对决——！！
这次的故事从“声音”开始。高中生山吹有恓为了寻找初中时沉迷的电台主播而专注于声音。某天从学校广播中听到了确信是本人的声音。但是冲到广播室才发现有四个人在内，而且梦想也能对应上，为了找出真身告诉她自己的心意，有恓开始了行动。
一半是人，一半是猩猩的新英雄！猩猩人和恐怖分子展开激烈冲突！ ！恐怖组织「动物解放同盟（ALA）」攻击生物科学研究所时，救了怀孕的黑猩猩，这只黑猩猩产下了半人半猩猩的「猩猩人」查理。 15年后，查理在人类双亲的扶养下，进入高中就读，认识了人类女孩露西。另一方面，ALA的所作所为越来越激烈，甚至计画要查理加入他们！
外表平凡的安艺伦也（松冈祯丞 配音）是一个标准的御宅族，对ACG文化十分着迷的同时，亦是同时游戏社团的制作人。某日，安艺伦也遇见了名为加藤惠（安野希世乃 配音）的少女，尽管走在人群中的惠毫不起眼，没有任何特色，但安艺伦也还是情不自禁的喜欢上了这个身上散发着奇妙气场的少女。将少女的样貌牢牢的记在心里，安艺伦也以惠的样子作为设定，设计了一款同人游戏。让安艺伦也没有想到的是，之后，惠竟然成为了他的同班同学，亦成为了他同人游戏制作团队中的一份子。混血少女英梨梨（大西沙织 配音）、文静学姐霞之丘诗羽，不得了的角色一个接着一个地加入了安艺伦也的同人社团。
