这个星球上生活着不可思议的生物神奇宝贝。现在开始讲述少年小智和神奇宝贝们的相遇、冒险和战斗经历的故事。在结束了在成都地区的旅行后 小智只带上了他最先获得的神奇宝贝——皮卡丘 来到了芳缘地方。但是在到芳缘地方的途中，皮卡丘被火箭队的攻击变得异常奇怪...在AG中，小智和新加入的女主角——小遥，永远支持着小智的小刚，以及小遥的弟弟小胜，一起在芳缘地方，以及到对战开拓区旅行
大门大意外地遇到了亚古兽，两人见面就大打出手，亚古兽战败后称大门大 为大哥，但是数码特搜部队（DATS）不容许未受其队员管理的数码兽留存在这个世界上，必需送回数码世界，而后汤岛告诉大若加入DATS他就可以跟数码世界的强敌战斗，大因此加入DATS，与淑乃及托玛组成小组，一同解决数码事件。托玛发现日本的数码事件频率增加并非偶然，因此请假回到欧洲调查，发现根源来自于人类的七宗罪。而比丘兽的事情让大他们知道了其幕后黑手是究极体数码兽——墨丘利兽搞的鬼，也因此决定动身前往数码世界。而在数码世界，他们见到了一个人类小孩——郁人，他自称数码兽，对人类怀有怨恨。
不死者之魔王雷欧尼斯为了日后将会迎来的决战而将自身的灵魂封印了。然而他在1000年后再度醒来时，不知为何却变成了10岁少年的模样！？被隶属于〈圣剑学院〉的美少女利瑟莉娅所保护的雷欧尼斯，在对这个变得截然不同的世界一头...
本作围绕着高中生的日常生活，讲述了在“炼金术”盛行的时代中，青年人们为了守护正义...
双眼失明的少年库诺的目标，就是用水系魔术做出新的双眼。学习魔法仅仅五个月，就超越教师实力的库诺，在这前所未有的挑战中，更加绽放了才能！用魔力感知周遭的色彩、透过水系魔术的应用，制作出怀炉与敷布，甚至只用初级魔术就重现了一只猫──其技术与构思，连宫廷魔术师都瞠目结舌，实力受到赏识的库诺，就此成为拥有极致手艺的魔技师的弟子！？以好奇心开拓世界，天才少年的发明奇幻故事！
